El 24 de abril, mientras llevaba a cabo labores de aprovisionamiento, se declaró un fuego a bordo del San Pedro Alcántara. La tripulación al oir el grito de  ¡Fuego en la Santa Bárbara! fue presa del pánico y gran parte trató de huir  tirándose por la borda.
Las labores de extinción comenzaron, pero el agua arrojada desde los baldes no hacía otra cosa más que aumentar el humo. El fuego no disminuyó, aturdiendo y asfixiando a la mayor parte de la marinería. Finalmente, y dando por perdido el navío, el Comandante y algunos oficiales decidieron abandonar el barco, con el fin de dirigir mejor las tareas de evacuación. Esto fue interpretado por muchos como señal inequívoca de abandono de la nave y se tiraron al agua, pereciendo muchos en el intento.
Con el incendio de la nave capitana el ejército de Pablo Morillo perdió mas de cien soldados, parte de sus elementos militares y de sus caudales. No significó un desastre para las fuerzas realistas pues éstas nunca dependieron de las tropas venidas de España. Los ejércitos que lucharon contra la Independencia bajo las banderas de la Corona española fueron formados hasta 1816-17 principalmente por criollos peones y llaneros, mestizos, negros, mulatos e indios quienes sentían como sus enemigos a los criollos privilegiados que los explotaban, humillaban y discriminaban.
Contra ellos, y no a favor de España, se luchó en guerra durante más de seis años hasta que finalmente prevaleció la causa de la Independencia