Cuando los náufragos habían perdido toda esperanza, el patache del capitán Francisco de Olano apareció entre las olas, y los recogió. En el quebrado horizonte de agua el «Nuestra Señora del Juncal» casi había desaparecido de la superficie engullido por la mar. 
Según se procedía en esa época, nada más desembarcar en Campeche los sobrevivientes fueron encarcelados por orden del gobernador de Yucatán, Fernando Centeno, en espera de explicaciones. El total de la tragedia: tres barcos hundidos, el Juncal, el Santa Teresa y el San Juan. El resto, o alcanzó algún puerto o embarrancó en la costa. Y una pérdida millonaria para la corona y los comerciantes que habían embarcado sus caudales y mercaderías. El casco del Juncal llevó consigo unaa carga de más de un millón de pesos de plata, 17 toneladas de grana final y 46 de añil.
Pero no sería hasta 1983 cuando el primer cazatesoros se interesó por el «Juncal» a través de la compañía norteamericana Seaquest International, aunque no logró ningún hallazgo. En 1993 el estado mexicano arrendó el buque oceanográfico ruso Akademik Mstislav, manteniendo en total secreto los resultados que obtuvieron, luego de estudiar con magnetómetros de barrido lateral para identificar los objetos del lecho marino. En 2006 Odissey Marine Exploration también emprendió su búsqueda. Desde 2014, el país México y España aúnan esfuerzos para encontrar los vestigios del galeón.
La historia del hundimiento del Juncal frente a las costas de Campeche y su hasta ahora improductiva búsqueda, iniciada ya en el siglo XVII, protagonizan una exposición,hasta el 17 de abril de 2022, en el Archivo General de Indias, en Sevilla. La muestra reúne cerca de 80 piezas como documentos históricos, libros, obras pictóricas, grabados y cartografías acompañadas de proyecciones audiovisuales. Incluso se ha realizado una maqueta en madera a escala 1:32 del galeón y se ha creado una simulación a tamaño natural de su bodega.
En junio de 2014, España y México suscribieron un acuerdo llamado «Proyecto Flota de la Nueva España 1630-1631». El documento contiene protocolo sobre el tema de barcos de Estado hundidos en sus aguas, tales como el «Juncal», el «Santa Teresa», y otros que se fueron a pique por la misma zona. Al ser ambas naciones firmantes de la Convención, México se comprometió a no tocar barcos de Estado sin el permiso de su propietario, en este caso el Reino de España.