Durante los cuatro años que Selkirk pasó solo en la isla, se alimentó básicamente de pescado y de la carne y la leche de las cabras que vivían en libertad en el interior de la isla. Con las herramientas que le dejaron, Selkirk construyó dos cabañas y confeccionaba su propia ropa con la piel de los animales que cazaba. Tuvo que enfrentarse a muchas situaciones peligrosas, entre ellas la presencia de barcos españoles. Una vez no pudo evitar ser descubierto y fue perseguido, aunque logró escapar pues hubiese sido ejecutado como corsario escocés.
Cuatro años después, el 2 de Febrero de 1709, llegaron a la isla dos fragatas la Duke y la Duchess al mando del futuro gobernador de Las Bahamas Woodes Rogers.El piloto era un antiguo conocido de Selkirk, William Dampier. Cuando las fragatas atracaron en la Isla Santa Cecilia para aprovisionarse, vieron con asombro que venía a recibirles un hombre que vestía pieles de cabra y al cual le costaba mucho expresarse.  Selkirk fue rescatado y retomó su antiguo "oficio" de corsario a las órdenes de Woodes Rogers. 
Uno de sus "golpes" más sonados lo dio en Guayaquil (Ecuador), cuando se hizo con el oro y las joyas que varias mujeres adineradas escondían entre sus ropas mientras intentaban escapar de la ciudad sitiada.
Selkirk también partició en la captura del galeón español Nuestra Señora de la Encarnación y el Desengaño, posteriormente renombrado como Bachelor. Selkirk actuó en el como Maestro de Navegación de este galeón al mando del Capitán Thomas Dover. A bordo del Duke, Selkirk logró asimismo completar un viaje alrededor del mundo a través del cabo de Buena Esperanza. La increíble historia de Alexander Selkirk corrió como la pólvora y llegó a oídos del escritor Daniel Defoe. En 1719, Defoe publicó "La Vida y las Sorprendentes Aventuras de Robinson Crusoe, novela que fue recibida con gran entusiasmo por el público.
Sin embargo, entre la historia real y la que se narra en la novela existen muchas diferencias. Dafoe sitúa a su héroe en una isla del Caribe. En Robinson Crusoe, el protagonista permanece en la isla veintiocho años y no totalmente solo, sino en compañía de un indígena al que llamará Viernes. Selkirk, por su parte, permaneció cuatro años en su isla en absoluta soledad. Sea como fuere, el 13 de Diciembre de 1721, Alexander Selkirk,  el "Robinson Crusoe" de la vida real, murió víctima de la fiebre amarilla mientras llevaba a cabo una inesperada patrulla contra los piratas a bordo del HMS Weymouth. Su cuerpo, como marcaba la tradición marinera, fue lanzado al océano.