las desdichas se generalizaron durante el trayecto. Ni siquiera acabaron cuando llegaron al Estrecho. La lógica dictaba que, con Elcano de guía (que ya conocía la región), nada podía salir mal. No fue así. La capitana confundió la entrada del paso y cuatro naves se perdieron o desertaron. Poco después, y a pesar de que el desastre rondaba el ambiente, cruzaron y se toparon con el Pacífico.
Cuando parecía que el destino solo podía ser propicio con la expedición, la mala fortuna volvió a atacar a Loysa y a sus hombres. Para empezar, una tormenta dispersó a las dos naos restantes y tan solo quedó una para terminar el viaje: la Victoria. Por si fuera poco, el escorbuto se extendió entre los tripulantes. De la noche a la mañana, los escasos hombres que todavía luchaban por vivir empezaron a sangrar y la fatiga les venció. Por culpa de esta enfermedad se fueron al otro mundo la friolera de 34 tripulantes. Una pérdida importante fue la del piloto Antonio Bermejo.
Para entonces la comida y la bebida escaseaban: «Era tanta la sed que teníamos, que los más de nosotros no nos podíamos menear, que nos ahogábamos de sed; y en esto me acordé yo que quizás me remediaría con mis propias orinas, y así lo hice; luego bebí siete u ocho sorbos de ellas, y oriné en mí, como si hubiera comido y bebido». No pintaban bien las cosas. Al final, el escorbuto se llevó también la vida de Loaysa el 30 de Juliode ese mismo año. Fue entonces cuando nuestro castizo Elcano asumió el mando. Su momento había llegado. Al fin, después de casi tres años esperando, se convirtió en Capitán General de una armada.
Por desgracia, el cargo le duró menos de una semana. Exactamente seis días, como desvela el historiador Insua en declaraciones a ABC. En palabras de este experto, en la actualidad se desconoce de qué murió, aunque se sospecha que lo que acabó con él fue el escorbuto. Así anotó este suceso el mismo Andrés de Urdaneta en su diario : "Lunes, a seis de Agosto, falleció el magnífico Señor Juan Sebastián Elcano". Apenas una jornada después se celebró el entierro en honor del marino. Los restos fueron llevados hasta la cubierta del barco, donde la marinería le rezó un Padre Nuestro y varios Ave Marías. Cuando terminaron las exequias, se colgó del cadáver un peso y se lanzó al vasco al mar. «No hubo músicas, ni banderas, ni galas, ni nada. De esta forma terminó la vida de uno de los hombres más insignes del Reino de España.